计算测序深度和覆盖度

# 概念:

深度(depth)与覆盖度(coverage)

假想实验

对长100bp的目标区域进行捕获测序:采用单端测序,每个read长5bp;总共得到了200个reads;把所有的reads比对到目标区域后,100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到,换言之,剩余的2bp没有1个read覆盖。

深度(depth)

200 x 5 / 100 = 10

我们说这此测序的深度为10X。

覆盖度(coverage)

98 / 100 × 100% = 98%

我们说这次测序的覆盖度为98%

ref: 深度(depth)与覆盖度(coverage) | Public Library of Bioinformatics

# 使用genomecov:

ref: genomecov — bedtools 2.27.0 documentation

samtools view -b xxx.bam | genomeCoverageBed -ibam stdin -g hg18.genome -bga > cov.bedgraph

hg19:hg19.chrom.sizes

mm10:mm10.chrom.sizes

或者samtools查看bam:

samtools view -H xxx.bam  

-bg Reporting genome coverage in BEDGRAPH format

-bga Reporting genome coverage for all positions in BEDGRAPH format

另一个ref:测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth – 简书

# 使用samtools的depth:

ref:[samtools]depth命令简介 – CSDN博客

 samtools depth xxx.bam -a > xxx.bam.depth

结果: 一共得到3列以指标分隔符分隔的数据,第一列为染色体名称,第二列为位点,第三列为覆盖深度。

作者:苏牧传媒
链接:https://www.jianshu.com/p/75b9f6e97b06
來源:简书
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